高拱不囿于先儒成说，以为“其不能得者亦不可强从”。直斥程朱理学“远人情以为天理”；他很赞同同时代思想家王廷相的观点，认为理在事物，无其事即无其理。他对“权”字更有一套独到的见解，把“权”与“经”比作秤上的“锤”和“衡”，两者关系是“盖经乃有定之权，权乃无定之经，无定也，而以求其定，其定乃为正也”。即：权和经是对立的统一体，凡事皆有经，其事实行时应认真权一下，使权与经得以统一。

在“义”和“利”的问题上，认为“苟出乎义，则利皆义也；苟出乎利，则义皆利”，只要摆正义和利的关系，言利也不是不好，痛斥了“君子不言利”的迂腐观点。他还认为正因前人没有把握住这种关系，才造成“经制之略置之不讲”，善理财者不闻，祸国殃民。他自己十分重视理财，重视有关国计民生的政务，主张务实。他的学术思想正是他行使政务、取得政绩的思想根源。^[1][2]

高拱素好读书，为文不好词藻，而深重有力。他著述甚富，有《问辨录》十卷、《春秋正旨》一卷、《本语》六卷、《边略》五卷、《纶扉外稿》四卷、《掌铨题稿》三十四卷、《南宫奏牍》四卷、《政府书答》四卷、《纶扉集》一卷、《程士集》四卷、《外制卷》二卷、《日进直讲》十卷、《献忱集》四卷等等，后人辑为《高文襄公集》。